X-Change 2 погружает в приключения парня по имени Такуя, который активно увлекается химией и занимается дополнительно в школьном кружке наукой. Игра становится продолжателем оригинальной серии, основанной на эротических авантюрах персонажей, выполненных в аниме стилистике. Главной задачей для паренька становится проведение опытов над собой или другими людьми, что в итоге приводит к курьезным последствиям.

Начало сюжета в X-Change 2 рельсовое и приводит протагониста к перевоплощению в девушку, путем экспериментов. Теперь пользователям предстоит взять управление симпатичную по внешности девчонку, которая на самом деле является юношей, и отправиться исследовать мир. Игроки будут совершать выборы между поставленными сценками и выбирать реплики в диалогах, которые позволяют налаживать и выстраивать различного рода взаимоотношения между героями игры.

Геймеры определяются куда пойти на переменках, чтобы направить развитие сюжетной линии и выбрать в каком порядке протагонист будет изучать окружение. Предстоит проводить много времени в школе или дома, общаясь с одноклассниками и другими девчонками, с которыми теперь у парня больше шансов сблизиться и пообщаться из-за новоприобретенной внешности, чем он начинает активно пользоваться себе на благо. Игра наполнена сценами эротического характера, что может быть не допустимо для несовершеннолетних юзеров.