Yin-Yang! X-Change Alternative погружает в романтическую новеллу, рассказывающую историю про обычного 19-ти летнего парня. Главный герой ничем не примечательный молодой человек, желающий поближе познакомиться с симпатичными девчонками. Занимаясь поисками советов для соблазнения красоток, юноша натыкается на необычное снадобье, превратившее паренька в девушку на следующее утро. Эликсир был приготовлен медсестрой, поэтому главная зацепка по поиску решения данной проблемы ведет в медицинский пункт.

Немного изучив женские формы в Yin-Yang! X-Change Alternative, Каору Сакуразка понимает, что нужно воспользоваться шансом, предоставленным волей свыше и отправиться знакомиться с девчонками. Таким образом игроки получат возможность внедриться к красоткам, которых раньше так желал протагонист. Подружившись и наладив отношения с милыми дамами, выйдет ознакомиться с интимной стороной вопроса и глубже узнать принципы мышления и дружбы между женщинами.

Сменив пол, герой получает возможность:

• Выяснить множество девчачьих секретиков, заводя новых подружек, которые раньше пугались парня.
  
• Понять на себе физиологические ощущения от обладания женским телом, осознав разницу между мужчинами и девушками.
  
• Пообщаться с большим количеством других дам, которые теперь воспринимают юношу как друга.
  
• Разбираться в решении сложившейся ситуации, чтобы в будущем вернуться обратно в собственное тело.