События в Tottemo Pheromone переносят в альтернативный мир, где существует магия и ведьмы. Главным героем выступает обычный паренек по имени Такуя, который приходит на новую работу и знакомится с милой девчонкой. Пообщавшись, становится понятно, что симпатичная дама владеет волшебным искусством, но для этого требуется специальная энергия. Для получения колдовской маны, необходимо удовлетворять базовые человеческие потребности, занимаясь сексом с противоположным полом. Юноша предлагает свою помощь, чтобы накопить достаточное количество энергии и колдунья смогла вернуться к себе домой, в другое пространство.

Главной задачей игрока в Tottemo Pheromone становится направление действий героев, предпринимая решения по ходу прохождения. Молодой студент, подрабатывающий в процессе учебы, теперь вынужден встречаться почаще с горячей красоткой и проводить совместно время, уединяясь от посторонних глаз. Игрок получает возможность выбирать реплики в текстовых диалогах, которые выполнены в форме визуальной новеллы, нарисованной в стилистике аниме. Сюжет развивается постепенно и нелинейно, исходя от поступков геймеров, управляющих протагонистом. Парень будет выполнять поручения ведьмы, чтобы в итоге выручить девушку и при этом получить собственное удовлетворение от эротических развлечений, где доступны различные пошлые варианты приятного времяпрепровождения.