Marvel Nemesis: Rise of the Imperfects бросает классических героев и злодеев Marvel в бой против нового поколения персонажей. Игроки берут под контроль такие известные фигуры, как Железный человек, Человек-паук и Росомаха, или вступают в бой с оригинальными бойцами, созданными специально для игры. В центре внимания - стремительный экшен, а упрощенная механика обеспечивает плавность движений и динамичность сражений. Игра получила сравнение с такими играми, как Power Stone и Super Smash Bros., благодаря акценту на мобильности и реализации суперприемов, напоминающих фаталити, которые срабатывают, когда противник близок к поражению.

Сюжет разворачивается, когда на Землю спускаются инопланетные захватчики. Герои противостоят угрозе, сталкиваясь с контролируемыми разумом союзниками и странными устройствами, прикрепленными к их шеям. Тем временем девушка по имени Майя проходит суровую подготовку, чтобы стать лучшим воином, сражаясь с различными противниками. Взяв кодовое имя Парагон, она оказывается в противостоянии как с героями, так и с инопланетной угрозой. Сбежав от своих похитителей и столкнувшись с Магнето, она ненадолго попадает под влияние злодея, но затем вырывается на свободу и открывает свою истинную природу. Узнав, кто стоит за вторжением, Парагон вступает в схватку с инопланетным существом и побеждает его, положив конец угрозе и установив хрупкий мир, в котором герои и оставшиеся "несовершенные" должны научиться сосуществовать.