Entropy Zero 2 является продолжением мода для игры Half-Life 2: Episode Two. Показанные в нем события начинаются за 11 месяцев до приезда Гордона Фримена в Сити-17. Как и первая часть модификации, фанатская работа дает возможность повоевать на стороне Альянса против сил Сопротивления. Она сделана на основе оригинального сиквела и двух выходивших к нему эпизодов.

Протагонист в Half-Life 2: Entropy Zero 2 тот же. Антигерой получил иное тело, но сохранил сознание. Элитный клон ищет доктора Джудит Моссман, чтобы убить её. Бойцу по кличке Bad Cop предстоит исследовать объект Arbeit Communications, пройтись по следам молчаливого ученого с монтировкой в тюрьме "Нова Проспект", покомандовать комбайнами и синтетами, побывать в Сити-10, отбить у повстанцев Цитадель и многое другое.

Геймплей похож на обычную HL, но здесь есть и свои особенности. У главного персонажа отсутствует защитный костюм HEV. Это вынуждает во время перестрелок действовать быстро и стараться выстрелить раньше противников. Солдату доступен комбайновский арсенал. Например: оглушающая дубинка, мэнхэк, импульсная винтовка Патруля (также известная как AR2 – тут она представлена в виде прототипа). Саундтрек был переделан. В нем используется музыка, написанная другими композиторами. Также в наличии своя система достижений.