Newton and the Apple Tree повествует о приключениях юноши по имени Сюджи Асанага, что совместно с подружкой Йоцуко Утакане занимаются поисками бабушки, что исчезла при необъяснимых обстоятельствах. Герои ищут пропавшего родственника, пока не оказываются в прошлом из-за странного оборудования. Попав на несколько веков назад, протагонисты встречаются с девушкой, что олицетворяет собой образ Исаака Ньютона, открывшего закон всемирного тяготения. Протагонисты необычным появлением перед девчонкой позволили ей додуматься до великого открытия, что приводит впоследствии к забавным ситуациям.

Пользователи в Ньютон энд зе Эпл Три будут наблюдать за сюжетной линией, что позволит выйти на одну из 5 доступных концовок. Игра представляет собой визуальную новеллу, где получится интерактивно взаимодействовать в кат-сценах, выполненных в анимешной стилистике. Юзеры смогут оказывать влияние на рассказ, подбирая в определенных моментах выборы из действий. Придется читать диалоги между персонажами, определяясь с репликами для Сюджи Асанага. Прохождение занимает около 15-30 часов реального времени, позволяя геймерам раскрыть все арки, завязанные на построении отношений с девчонками. Юноша сможет узнать подробнее личные истории каждой из пяти героинь, что будут знакомиться и общаться с героем. Главной задачей станет поиск пути домой, чтобы попасть в родное измерение.