Football Manager 2006 дает возможность для пользователей занять роль управляющего футбольным клубом, что вынужден выполнять разнообразные обязанности. Придется следить за командами конкурентов и анализировать их способности, развивать и тренировать своих футболистов, а также набирать новых сотрудников. Для работы необходимо следить за экономической составляющей и получаемым доходом, чтобы хватало денег на плату зарплат для каждого работника и игрока. Юзеры будут сами выбирать желаемую команду, которую хотят привести к успеху.

В игре Футбол Менеджер 2006 присутствуют нововведения, которые улучшают и дополняют предыдущую часть серии. Теперь геймеры открывают доступ к продвинутой системе управления, налаживанию отношений с директорами, а также получают возможность общаться с футболистами во время перерывов или по завершению матча, что вносит больше функционала. Получится поднимать моральный дух для игроков или раздавать новые установки между таймами, чтобы улучшать результаты. Также можно создавать менеджерские контракты, заключать договора с участниками других клубов и переманивать футболистов на свою сторону, предлагая более выгодные условия для сотрудничества, такие как повышенная оплата или карьерный рост. Пользователи смогут поучаствовать в масштабных турнирах, начиная свой путь с небольших локальных лиг.