Tenchu: Wrath of Heaven повествует о событиях, затрагивающих жизнь героя по имени Рикимару. Протагонист выступает в роли ниндзя, что владеет боевыми навыками и искусством скрытного перемещения. Игра является экшен-адвенчурой с элементами стелс-механик, где приходится сталкиваться с противниками на различных локациях. История начинается после победы над лордом О-Мей, что был ликвидирован героем в предыдущей части серии. Геймерам предстоит пройти долгий путь, выступив в борьбу за "Три Драгоценности", что даруют божественную силу Неба, Земли и Добродетели. Злобный колдун Тенрай желает заполучить могущественный артефакт, а юзерам необходимо нарушить его планы.

Геймплейные механики в Tenchu: Wrath of Heaven наполнены динамическими схватками с противниками, а также заданиями по бесшумному и незаметному проникновению в ряды врага. Рикимару будет путешествовать в кампании надежных напарников Аямэ (ловкая куноичи и ниндзя Адзума) и Тэссю Фудзиока (врач и мстительный убийца). Пользователям придется продвигаться через запутанные сюжетные перипетии, повстречав на своем пути прихвостней темного волшебника. Также выйдет столкнуться с колоритными личностями, среди которых есть Насу (государственный деятель, что является сообщником Токубей Эчигоя), Хамада (союзник лорда Годды), Джинай (бывший член группировки Мудзэн) и т.д. Основной целью для геймеров становится уничтожение Тенрая, что пытается стать "Повелителем Тьмы" и захватить человечество при помощи таинственных артефактов "Три Драгоценности", способных усиливать способности безумного колдуна.