Monster Sanctuary сочетает в себе дрессировку монстров и метроидванию. Собирая различных боевых животных, необходимо за ними ухаживать и прокачивать, чтобы потом отправлять их в бой. На протяжении того, как герой будет становится лучшим дрессировщиком в мире, ему предстоит разгадать тайну, почему произошел разлад между человеческой расой и мистическими животными.

В зависимости от навыков питомцев, можно открывать новые локации или секреты. Один может срезать лозы, второй обладает невероятной силой и разрушает стены, третий умеет летать и способен взбираться на возвышенности и т.д. Путешествуя по миру, протагонист собирает целую команду, где каждый ее член обладает своими уникальными чертами и характеристиками. Прокачка мутантов включает индивидуальные ветки умений, позволяющие не только становится сильнее, но и значительно влиять на тактику и поведение при схватках с противниками.

Система боя Monster Sanctuary:

• планирование и тактика поединка;
  
• баталии три на три;
  
• накопление ударов, позволяющие провести комбо-атаку;
  
• искать эффективные связки ударов, дающие бонусы.
  

За самые мощные сочетания ударов можно в качестве бонуса получить редкое животное. Он выдается в качестве яйца, который необходимо вырастить и воспитать. Присутствует сетевая игра, представленная режимом PvP. Всегда можно бросить вызов другим тренерам, сражаясь за титул чемпиона.