Secret Files: Tunguska рассказывает о путешествии Нины Каленковой в поисках своего пропавшего отца. Девушке помогает коллега её родственника Макс Грубер. Сюжет крутится вокруг произошедшего в реальной жизни воздушного взрыва. Феномен получил название "Тунгусский метеорит" в честь одноименной теории. Главные герои столкнутся с последствиями этого явления и попытаются его разгадать.

"Секретные материалы: Тунгуска" является классическим квестом. Адвенчуру можно проходить обычным способом с помощью пиксель-хантинга. Однако для всех, кто не любит подобные развлечения, разработчики добавили возможность подсвечивать на уровнях все активные области. Это делает по нажатию лупы.

В основном тут надо играть за дочку учёного. Иногда дадут поуправлять её другом. Пару раз возникнут эпизоды, когда им придется взаимодействовать и обмениваться вещами. В такие моменты разрешается переключаться между этими людьми когда угодно. Молодая женщина и парень традиционно управляются мышью, подбирают предметы, кладут их в бездонный инвентарь, комбинируют там между собой, а затем применяют на окружение. Некоторые загадки могут бросить вызов. Большинство из них разгадывается выполнено логично. Но иногда создатели головоломок предлагают абсурдные решения своих пазлов.

Парочка побывает в Берлине, Москве, Сибири, Ирландии, Кубе, Гималаях, Антарктиде. Всего тут 80 локаций. Присутствует дневник, где кратко излагаются последние события. У истории одна концовка с заделом на продолжение. После титров рассказывается о дальнейших судьбах встреченных 25 персонажей.