Действие GUNHEAD разворачивается сразу после событий, представленных в оригинальной части. Игрок снова берет на себя роль космического корсара, зарабатывающего на жизнь очисткой кораблей от инопланетных гостей и разведчиков конкурентов. После того, как главный герой предал правительственных руководителей, ему пришлось бороться за выживание в одиночку.

За происходящим в игре удастся наблюдать от первого лица. Как и в оригинале, во время игрового процесса геймер перемещается на палубы процедурно сгенерированных космических кораблей. Задача состоит в том, чтобы уничтожить все, что окажется на пути - от серийных противников, таких как автоматические стрелковые башни и дроны, до вооруженных до зубов боссов. В ходе борьбы будет разблокировано мощнейшее оружие, в том числе ракетные установки, винтовки и лазерные пушки (можно взять до 4 пушек одновременно), а также ряд полезных гаджетов.

Все это дополняется грамотным использованием реактивного ранца, позволяющего не только попасть в труднодоступные места, но и открывающего широкие тактические возможности. Несмотря на простоту, трехмерная графика выглядит прилично - разработчики решили сохранить все в стиле комиксов благодаря использованию затенения врагов. Темпы борьбы усиливаются динамичным саундтреком. В начале прохождения каждой локации врагов буде не так много, но постепенно сражаться станет непросто, поскольку противник станет лезть изо всех щелей и сторон. Если игрок погибнет, придется начать все заново на другой рандомной локации.