My Little Sister's Special Place рассказывает историю молодого человека, который в юности часто посещал Акибу, район, известный своими магазинами электроники и аниме. Он часто посещал их не ради собственного удовольствия, а ради своей младшей сестры. Игра не раскрывает причин этих поездок, оставляя их на усмотрение геймера. Однако поворотный момент наступает, когда младшая сестра получает рождественский подарок: поездку, только для них двоих. Подробности поездки и то, как она произошла, окутаны тайной, но ясно одно - братья и сестры отправляются в путешествие вместе.

Далее следует повествование, сосредоточенное на их совместном времяпрепровождении. Тайтл использует уникальный подход, изображая отношения между братом и сестрой таким образом, чтобы размыть границы между семейной любовью и романтической связью. Игроки будут направлять главного героя в ходе их взаимодействия, вести разговоры и создавать ситуации, которые можно трактовать по-разному. Это история о брате, яростно заботящемся о счастье своей сестры? Или что-то более сложное? My Little Sister's Special Place оставляет ответ на этот вопрос за юзером.