В рамках прохождения Organs Please пользователь становится никем иным, как одним из управляющих по проекту строительства ковчега. В его обязанности входит создание модулей, производственных цехов, исследовательских центров и так далее. Чрезвычайное важное внимание следует уделить тем людям, которые получат билет на спасительный корабль. Выжить хотят абсолютно все, но только геймеру выбирать кому повезет, кто останется на планете, а кто в прямом смысле слова обязан пожертвовать свою кровь и органы для жизни остальных.

Ежедневно на корабль просятся сотни, и пользователь обязан анализировать все их характеристики, включая физическое и психологическое состояние, профессию, навыки, характер, страхи и другие параметры. Важно отбирать наиболее подходящих на роль, ведь только настоящие профессионалы своего дела способны построить новую цивилизацию на далекой планете. Некоторых прост предстоит пускать на органы или же использовать в экспериментах, которые позволят улучшить условия обитаниях тех, кому удалось заполучить счастливый билет.