В центре событий Schwarzesmarken: Kouketsu no Monshou - 666-я эскадрилья TSF из Восточной Германии и ее неустанные сражения с BETA, инопланетным видом, опустошающим Европу. Действие происходит в 1983 году, и эскадрилья действует по уникальной директиве, нацеленной на лазерные и тяжелые лазерные установки BETA, чья дальность и мощность создают серьезные препятствия. 666-я эскадрилья, известная как Schwarzesmarken или «Черные метки», следует бескомпромиссному приказу нанести удар по этим угрозам лазерного класса, даже если это означает игнорирование сигналов бедствия союзников, чтобы выполнить свою миссию. В этой эскадрилье выживание зависит от стратегии, преданности и готовности делать трудный выбор в условиях постоянной угрозы.

Во главе с Айрисдиной Бернхард в 666-м отряде собраны самые разные солдаты, каждый из которых имеет свое прошлое и сложную лояльность. Теодор Эбербах, главный герой, борется с презрением как к врагу, так и к своей родине. Такие персонажи, как Катя Вальдхайм, молодая идеалистка из Западной Германии, и Анетт Хозенфельд, пилот, страдающий посттравматическим стрессовым расстройством, привносят в отряд контрастные взгляды и напряженность. Другие, такие как строгий комиссар Гретель Йекельн и похожий на наставника Вальтер Крюгер, добавляют слои военной иерархии и идеологии. Миссия эскадрильи становится все более сложной по мере того, как они преодолевают внутренние политические битвы внутри Восточной Германии, а такие противники, как Беатрикс Бреме, осложняют их борьбу с БЕТА.