Syphon Filter 2 - сиквел шутера про агентов Гейба и Лиан, на которых объявлена охота после того, как им удалось раскрыть тайны Агентства и их причастность к созданию вируса Сифон Фильтр. Диллону Моргану удается взять в плен Лиан. Теперь Гейб должен встретиться с бывшей сотрудницей организации - Терезой Липан, чтобы обсудить вызволение Лиан. Но встреча не состоялась, в результате чего протагонист попал в новую передрягу.

Персонажи Syphon Filter 2:

• Габриэль Логан - главный герой игры, бывший оперативник Агентства;
  
• Лиан Ксинг - помощница протагониста;
  
• Тереза Липан - агент по коммуникации, помогающая Логану;
  
• Диллон Морган - начальник Агентства;
  
• Стивен Арчер - профессиональный наемник.
  

Присутствует возможность взять под управление Лиан. Девушка обладает всеми способности, доступные Гейбу. Персонаж может взбираться на выступы и прыгать между платформами. Враги стали опаснее и научились стрелять точно в голову. Некоторые миссии содержат в себе стелс-механики. Причем стелс является обязательным и в случае провала необходимо начинать уровень заново.

Сюжет включает в себя 20 разнообразных заданий. Было введены новые виды пушек: снайперская винтовка с прибором ночного видения, газовый гранатомет, H11, BIZ-2 и два вида холодного оружия: нож и тазер. Некоторые уровни обзавелись головоломками, например отвлечь БМП, похитить снаряжение, взорвать объект, отключить свет и т.д. По сравнению с первой игрой геймплей подвергся перебалансировки. Теперь на героя нападает не больше трех противников, обладающие более развитым ИИ. В связи с этим игровой процесс строится на тактике и позиционировании.