Her Majesty's Ship – стратегия в реальном времени, в которой геймер начинает своё восхождения на роль адмирала всего флота с должности капитана 3-го ранга, что даёт возможность управлять одним судном и членами экипажа. Большая часть игрового процесса происходит на глобальной карте, сражения же используют более маленькие локации и изменённую камеру. Продвигаясь по карьерной лестнице, игрок получает всё больше полномочий и открывает доступ к новым механикам, заблокированным на старте приключения. Громадный список достижений из 37 наград, мотивирует пользователя стараться соответствовать требованиям для получения стопроцентного прохождения.

Присутствует два варианта игры – одиночный, где противниками выступают компьютерные капитаны, находящиеся под управлением искусственного интеллекта с адаптивной силой сопротивления, а также, мультиплеер, в которых можно пригласить собственных друзей для проведения увлекательных морских баталий. На выбор игроков предоставляется британский флот, испанский, французский и португальский. Все эти государства доминировали в морских пространствах в средневековье. Помимо частных стычек с недругами, геймеру предстоит выполнять разные задания экипажа. Если игнорировать их требования, на корабле может начаться бунт, что приведёт к смерти протагониста от меча своих бывших союзников.