В In Her Eyes необходимо предотвратить убийство, которое должно произойти через 30 дней. Об этом сообщила призвавшая игрока загадочная девушка из другого мира. Игра получила не только интересный сюжет, но и необычный геймплей, так как сочетает в себе визуальную новеллу и жанр deck-building. Каждый выбор, совершаемый игроком, влияет на карточную колоду, метод ведения боя и характер девушки, который в результате может повлиять на концовку.

Как и в большинстве других визуальных новелл, здесь будет немало знакомств и диалогов. Продвигаясь по сюжету, игрок будет посещать разные локации (офис детектива, клиника, таверна) и находить воспоминания. Последние могут стать картами и оказаться в колоде. Во время боя нужно останавливать карты соперника, кликая по ним в определённой последовательности. Карты могут олицетворять не только воспоминания, но и любовь, привязанность и сожаление, и также влиять на личность таинственной незнакомки.

Одна из особенностей In Her Eyes в том, что отсчёт до убийства не останавливается даже в том случае, если выйти из игры. Так что за 30 игровых дней нужно успеть не только пообщаться со всеми персонажами, но и определить место, способ, жертву и причину предполагаемого преступления.