The Shell Part 3: Paradiso продолжает работу над предыдущими частями, направляя геймеров вглубь загадки, пленившей их с момента выхода первой части. Действие разворачивается в 1958 году и происходит в жизни детектива Рейдзи Токисаки, которого преследует дело Девушки в ракушке. В этой заключительной главе Рейдзи поручено расследовать загадочные вещи недавно умершего художника Синдзо Мамия. То, что должно было быть обычным расследованием, быстро перерастает в нечто гораздо более мрачное.

Среди найденных вещей Рэйдзи и его старая подруга Марис Стелла находят странную картину под названием Изгнание из рая, которая перекликается с жуткими и тревожными образами ранней работы Мамии Девушка в ракушке. Находка Изгнания из рая положила начало целой серии леденящих душу событий. На картине изображен однокрылый ангел, у которого, как ни странно, отсутствуют руки. Вскоре после этого обнаруживается тело женщины, которое, как выясняется, было устроено в манере, до жути похожей на ангела, изображенного на работе Мамии.

Эта мрачная связь в The Shell Part 3: Paradiso подталкивает Рэйдзи к дальнейшему расследованию, в результате которого он раскрывает больше секретов, чем ожидал. По мере расследования становится ясно, что границы между искусством и реальностью все больше размываются. Оказывается, жертва работала с Томоюки Масаки, еще одним именем из прошлого Рэйдзи, что добавляет сложности и без того запутанному повествованию.