The Shell Part II: Purgatorio разворачивается как захватывающее повествование, в центре которого находится детектив Рэйдзи Токисака. Сюжет разворачивается в небольшой деревушке, где царят древние обычаи и ритуалы. Во время праздника в деревне происходит неожиданное событие - убивают женщину. Местные жители трактуют это как божественное возмездие, что сразу же поднимает ставки в расследовании. Рэйдзи оказывается втянутым в паутину интриг, в которой переплетаются его личные проблемы и возрождение культа, который, похоже, властвует над городом.

По мере закручивания сюжета сестра Рэйдзи, Юкари, играет решающую роль в повествовании. Она вмешивается как раз вовремя, чтобы спасти человека, находящегося на грани самоубийства. Этот человек оказывается очередной жертвой, попавшей в тот самый круг отчаяния, который десятилетиями терзает общину. Связь между действиями Юкари и расследованием Рэйдзи добавляет сюжету многослойности. Чувство срочности нарастает по мере того, как Рэйдзи берет на себя ответственность противостоять не только проклятию, связывающему жителей города, но и своим собственным внутренним демонам.

Это путешествие в The Shell Part II: Purgatorio с личными и внешними конфликтами создает основу для многогранного исследования тем, которые пронизывают игру. В ходе расследования Рэйдзи встречает множество персонажей, у каждого из которых есть свои секреты, отдающиеся эхом прошлого. Некоторые из них охотнее делятся своими историями, чем другие, и каждое взаимодействие с ними открывает новые тайны.