The Botanist – трехмерный платформер, повествующий о мальчике-грибе Бобе, он одержим природой и исследованием растений и грибов. Он находится в вымышленном измерении, где пытается собрать наибольшее количество интересной ему флоры. Сюжет начинается в небольшом поселении, на мирной планете, во сне Боба. Он длительное время собирал образцы для своего следующего проекта, но его труды были украдены корнями, контролируемыми Зеленой Королевой Темного Леса.

Все его старания были разбросаны по Расколотым островам, парящим в воздухе земляным локациям, превратив его надежду в наихудший кошмар. Боб попадает в параллельное измерение, где столкнется со своими большими страхами. Игровой процесс имеет два режима прохождения. Первый – для тех, кто не любит спешить, а просто наслаждается прохождением и исследует каждый уголок окружения. Второй режим предоставляет жесткий и хардкорный путь, который потребуется проходить за наименьшее количество времени.

В один момент центральный персонаж встретится с новым другом, человеком, помогающим в сражениях с грибами и скрытыми ловушками. Это единственный персонаж, способный помочь очнуться от кошмара. Бобу предстоит находить все, что было рассыпано из его корзинки, чтобы восстановить работу над проектом. Нужно успеть до того, как появится солнце, иначе все будет потеряно, так как главный герой проснется и никогда не доберется до своих образцов. Игрок столкнется с опасными существами и ловушками, разбросанными на уровнях.