Lenna's Inception начинается с того, что Героя берет в плен злой представитель Гильдии. Он отдает его в руки архангелов, в результате чего легендарного рыцаря убивают. После этого события происходит раскол в мире. Теперь взять ситуацию в руки поручено приемнику Героя - девочке по имени Ленна. Отныне в ее руках находится судьба целого королевства.

Девушка отправляется на один из островов, где ей предстоит победить 8 архангелов, что вновь приведет к балансу в мире. Земли содержат множество опасностей и данжей, населенные опасными противниками. Геймплей представлен элементами метроидвании. Побеждая босса, героиня получает предмет, позволяющую ей попасть в ранее недоступные локации. Среди таких вещей зажигалка, способная погасить лед, бомбы, чтобы разбить камни и т.д. С собой в приключения можно взять напарников: Генриетту-курицу и Гурдона-тыкву.

На острове присутствует небольшое количество мирных NPC. Некоторые выдают несложные дополнительные квесты. Игра содержит кооперативный режим, позволяющий пройти сюжет в компании друга. Уровни Lenna's Inception процедурно генерируются. В зависимости от стиля игры, заготовлено несколько вариантов концовки. Режим испытания позволит пройти данжи без меча, без урона с тремя единицами здоровья и другими модификациями.