Атлантида Эволюция рассказывает о приключениях Кертиса Хьюита. Фоторепортер однажды возвращался по морю из Патагонии в свой родной Нью-Йорк. Но судно попало в водоворот. В результате журналист оказался в Новой Атлантиде – загадочной стране с необычными технологиями и древней верой. Население государства находится под гнетом богов. Протагонисту нужно не только отыскать путь домой, но и найти способ помочь местным жителям.

Atlantis: Evolution – это квест с видом от первого лица и мгновенным перемещением по точкам. Камеру разрешают вращать на 360 градусов. На протагониста дают посмотреть со стороны во время заставок и диалогов. В ходе бесед можно выбирать подобие реплик. Порой представителя прессы не будут пускать дальше по сюжету, пока он не поговорит с неписями на все доступные темы. Присутствует инвентарь. "Умный" курсор помогает понять, с какими объектами из окружения можно взаимодействовать. Однако пиксель-хантинг тут тоже встречается. Сложность пазлов высокая из-за их некоторой нелогичности и не всегда очевидных решений

Проект отличается от тайтлов из оригинальной трилогии большим количеством аркадных мини-игр. В форме них обставлены сражения с рядовыми противниками и битвы с боссами. Кертису дадут прокатиться в футуристичной капсуле, сыграть в вариацию арканоида, пострелять по стражникам в скролл-шутере и многое другое. Также появились стелс-миссии. Умереть в игре нельзя. Если герой проиграет в каком-то эпизоде, то персонажа просто вернут к его началу.