В Mortal Kombat: Deadly Alliance участники получили по три стиля боя. Между ними возможно переключаться прямо на ходу, на этом процессе даже завязаны некоторые комбо. Можно подбирать оружие и драться им. В боевку были добавлены таунты. Появилась Крипта, в которой создатели впервые разрешили получать различные бонусы, вплоть до альтернативных костюмов. Приятные вещицы выпадают из 676 гробов. Для их открытия нужны монетки, которые добываются в режиме Завоевания, где надо выполнять миссии. Никуда не делась и сюжетная кампания.

Пятая по счету игра в серии повествует о попытках Куан Чи и Шан Цзуна воскресить армию Короля Драконов. Образовав Смертельный Альянс, колдуны сначала убили во Внешнем Мире Шао Кана, а затем отправились на Землю за головой Лю Кана, лишив жизни и его. Райдэн собирает команду, чтобы помешать их злым планам. Кроме этих волшебников (заодно являющихся боссами) и бога грома в Mortal Kombat: Deadly Alliance можно поиграть за Кун Лао, Скорпиона, Кано, Саб-Зиро, Рептилию, Соню Блейд, Китану, Джонни Кейджа, Сайракса. И без того немалый список доступных бойцов пополнили новые герои: Ли Мэй, Фрост, Нитара, Бо Рай Чо, Кенши, Драмин, Мовадо и его подручный Хсу Хао. Также есть два секретных персонажа и главарь по имени Молох. Всем им выдали всего по одному фаталити.

Драки проходят на следующих уровнях: Mocloch’s Lair, Sarna Ruins, Shang Tsung’s/ Kuatan Palace, Acid Bath, Dragonfly, Lung Hai/ Lin Kuei Temple, House of Pekara, Wu Shi Academy, The Portal, Lava Shrine, Quan Chi’s Fortress, The Lost Tomb, Nethership, Drum Arena, Palace Grounds. На аренах появились невидимые стены, с помощью которых есть возможность наносить сопернику дополнительный урон. Еще в локациях есть разрушаемые объекты вроде статуй. Отдохнуть от стандартного мордобоя можно в двух мини-играх на проверку силы и меткости.