Mortal Kombat 3 (classic) позволяет геймерам опробовать свои силы в динамичном файтинге, где можно участвовать в одиночных сражениях или проходить сюжетную кампанию. Геймеры смогут выбирать желаемых бойцов для схваток, которые умеют совершать простые удары и прыжки, а также делать комбинации при помощи приемов. Арены представлены с двухмерным видом сбоку, где с разных сторон появляются герои и после начала раунда, они вынуждены сражаться между собой.

Пользователи в Мортал Комбат 3 будут погружаться в турнирные схватки, где нужно одержать победу в 2 раундах, чтобы одолеть соперника окончательно. Протагонисты получают возможность бить в прыжке, используя руки или ноги. Также добавлены апперкоты, которые могут продолжать связки из комбо или завершать их. В процессе прохождения, игроки смогут выбирать бойцов среди следующих протагонистов: Сайракс, Сектор, Кабал, Ночной Волк, Синдел, Шива, Страйкер, Джакс, Кано, Лю Кан, Кун Лао, Соня Блейд, Саб-Зиро и Шан Цун.

В игре присутствуют скрытые персонажи, которых можно разблокировать при прохождении кампании: Смоук (кибернетический ниндзя) и Нуб Сайбот (перевоплощенный призрак Саб Зиро). Каждый персонаж обладает особыми свойствами, характеристиками, навыками и комбинациями из ударов. В сражениях необходимо отслеживать за количеством здоровья бойца, совершать атаки или блоки и менять позиционирование на арене. Также герои могут бегать, расходуя полоску энергии и совершать добивания, что различаются на "Фаталити" и "Бруталити".

Некоторые комбо получают возможность "препрограммироваться", раскрывая защиту оппонента, чтобы довести до конца связку и при завершении подбросить врага в воздух для совершения "джагглинга" (атак по противнику над поверхностью земли). Карта наполнена интерактивными объектами, что разрешает повысить уровень взаимодействий с поверхностью. Можно выкидывать противника через потолок, чтобы перейти сражаться на другую локацию. Сюжет раскроет коварные планы Шао Кана, что проиграл Лю Кану и теперь объединяется с Теневыми жрецами для восстания и оживления Синдел.