Сюжет Royal Alchemist состоит из интриг, гибелей и предательства. Игрок переносится в фантастический мир, где будет перемещаться по локациям с обстановкой королевского двора. Геймплей представлен в виде ролевого приключения, а история начинается с рассказа, как король был повержен, но убийцы не были найдены. Из-за этого над землей нависла угроза раскола общества и хаоса.

Брат короля принял регентство после того, как ни один из 3 принцев не был готов занять трон. Регент стразу обратился к Высшему совету, чтобы пообщаться с нейтральными и влиятельными колдунами, состоящими в древнейшей фракции. Нынешний король желает лишь защитить собственный народ. Главный герой – потомок древнего рода Розенкройц, участник Высшего совета, который недавно был назначен наставником королевского князя.

Перед началом прохождения игрок выбирает пол центрального персонажа и настраивает внешность. После этого предстоит спуститься в лабиринт Эскиана, чтобы пройти через многочисленных монстров и врагов. По ходу сюжета геймер способен делать выборы, что повлияет на дальнейшее развитие истории. В процессе присутствует 8 концовок. Сражаясь с врагами и побеждая их, протагонист зарабатывает опыт, который тратится на улучшение двух древ навыков. Здесь можно найти пару из 3 второстепенных персонажей и ходить с ними на свидания в свободное от сражений время.