В Touhou Multi Scroll Shooting отсутствует повествование или кат-сцены. Это шутер, где можно просто стрелять в свое удовольствие, используя горизонтальную или вертикальную прокрутку.Управление установлено по умолчанию, но есть возможность изменить клавиши контроля в меню параметров. В базовых настройках для стрельбы используется Z, для применения способности – X, для поворота – "Пробел". Левый Shift замедляет движение для более точного прицела, а при помощи Esc игра ставится на паузу. Разрешение экрана также настраиваемое. Чем оно меньше, тем лучше производительность. Доступны варианты 1920х1080, 1280х270 и 640х360.

Единственным персонажем в Touhou Multi Scroll Shooting выступает Конпаку Ёму. Всего присутствуют 3 основных уровня и один дополнительный – Экстра. Не обязательно полностью проходить игру, чтобы его открыть. Также есть три уровня сложности: легкий, обычный и тяжелый. После смерти персонажа можно продолжить прохождение с контрольной точки или запустить раунд заново. В первом случае запасы оставшегося здоровья постепенно снижаются. Дополнительных предметов в локациях тоже нет. MP и XP восстанавливаются самостоятельно, также есть система бонусов, они возрастают параллельно с количеством убитых противников. Эта игра – не сражение на удачу. Все атаки врагов и попадание оружия в цель основаны на четком алгоритме.