ef - the latter tale. является прямым продолжением ef - the first tale. Проект рассчитан в первую очередь на тех, кто прошел оригинал. Действие продолжения начинается ровно с того момента, на котором закончились события первой части. Если в оригинале уместились две начальные главы, то в сиквеле показывается третий и четвертый акт, что завершает общий сюжет. Также здесь имеется пролог.

Перед началом Рождества Yuuko Amamiya и Yuu Himura воссоединились у церкви спустя много лет разлуки. Они начали рассказывать, чем занимались всё это время. В прошлой игре девушка поведала о жизнях людей, на которых она успела повлиять за эти годы. В ef - the latter tale. своим прошлым уже делится её собеседник.

Появились две новые сюжетные линии. Одна повествует о любовных отношениях между Renji Aso и Chihiro Shindo. Обладатель японских и немецких корней из любопытства приходит на заброшенную железнодорожную станцию и знакомится там с одноглазой девушкой. Оказывается, что его новая знакомая получила сильные травмы в аварии. Из-за частичной амнезии она способна запоминать только то, что с ней случилось в последние 13 часов. Но при этом молодая женщина помнит о том несчастном случае. Она записывает все события в дневник и мечтает о написании романа.

Другая история сосредоточена на профессиональном скрипаче Shuichi Kuze. Он встречает девушку из баскетбольной команды Mizuki Hayama. Она пытается сблизиться с музыкантом, но тот не подпускает её к себе. Затем дама узнает, что этот молодой человек умирает от тяжелой болезни, и решает помочь ему. Жанр у сиквела остался прежним. Это визуальная новелла, что выполнена в стиле аниме. В ней около 1000 анимированных картинок. Как и раньше, прохождение займет около 30 часов. Число музыкальных треков увеличилось с 28 до 40 мелодий.