Сюжет Chronicle of Innsmouth: Mountains of Madness повествует о детективе Лоуне Картере. Он впервые сталкивается с ужасающим расследованием, приводящим его в мрачные территории, как: Аркхэм, Антарктика и Иннсмут. В этих местах он расследует серию смертей и преступных событий. Помимо Лоуна, пользователь возьмет управление над Абдулом Альхазредом.

История основана на произведениях Лавкрафта. Мистическое приключение выполнено в стиле "укажи и кликни". Большая часть персонажей и местностей перенесена из конкретных рассказов писателя Говарда, как: "Горы Безумия" и "Тень над Иннсмутом". Прохождение начинается с того, как частный детектив Картер пробуждается в странном месте и видит, что находится недалеко от Иннсмута. Его тело разорвано на множество частей, а первое что он делает, так достает сигарету из пачки. Его части тела не слушаются, он понимает, что вот-вот умрет и погибает.

После смерти, протагониста пробуждает странный огонь, находящийся в его сознании. Он возвращается в физический мир, будучи излеченным и невредимым. Он никогда не будет прежним и решается отправиться в опасное приключение, чтобы расследовать кошмары, ужасные видения и прочие фрагменты. Его первая задача – сбежать из тайного города, после чего он попадет в Аркхэм, где столкнется с ритуальным убийством и исчезновением дорогого человека. В сюжете переплетаются многие персонажи, временные эпохи и территории.