Сюжет Конфликт: Буря в пустыне 2: Возвращение в Багдад состоит из четырех эпизодов. В каждой миссии пользователи берет управление над боевым отрядом, состоящим из 4-ех человек. События созданы по мотивам войны в Персидском заливе. Иногда предстоит менять управление между 22-й армии США Delta Force и британскими SAS.

Сюжетная кампания Conflict: Desert Storm II Back to Baghdad состоит из 10 миссий, где потребуется вызволять товарищей из плена и уничтожать баллистические ракеты, принадлежащие агрессивным государствам и террористам, иначе они смогут нанести серьезный удар по планете в целом. Выполняя миссии, игрок способен контролировать одного агента, а при помощи команд направлять остальных. В любой момент управление можно поменять, а искусственный интеллект будет вести остальных членов команды собственноручно.

Геймплей Conflict: Desert Storm 2 поможет каждому геймеру найти собственный стиль прохождения. Можно перемещаться тихо и незаметно, устранять противников с тылу и пользоваться разными тактиками, либо идти напролом, взрывать объекты и стрелять из пулеметов. Перестрелки с оппонентами произойдут в городах. В первом эпизоде понадобится добраться до 2-ух бойцов отряда Дельта-2 и помочь им. Юзер уничтожит пункт КПП противника, разрушит коммуникации в окружении вражеских танков и вертолетов. В некоторых заданиях можно управлять турелями или военной техникой. В четвертой части выдается БМП, а при его помощи необходимо уничтожить танки и пехоту противника.