Прохождение Конфликт: Терроризм начинается с того, как Красная команда следует HALO-указаниям, проходя через опасные джунгли в Колумбии. Там их берут в плен, после чего они попадают в соседний городок. Местность контролируется ополченцами, а агенту Коннорсу удается снять с себя веревки и выбраться из заточения. Он успевает добраться до своих напарников и помочь им сбежать.

После успешного побега, отряд продолжает выполнение миссии. В Conflict: Global Storm центральным персонажам предстоит уничтожить фабрику, производящую наркотики. Команде удается это сделать, но Фоули остается прикрывать тыл, чтобы все остальные бойцы остались в живых. В следующих операциях на замену приходит снайпер Кэрри Шерман. Их следующим заданием является обеспечение обороны сенатору Джеку Магуайру, в то время как он выполняет дипломатический визит в Южную Корею, а после в Украину. После длительных перелетов и успешных вылазок, Красную команду предает неизвестная личность, а в Египте отключаются зенитные системы, и подсвечивается бункер группировки.

Перспектива в Conflict: Global Terror представлена от третьего лица, но если пользователь берет прямое управление над агентом, то он видит все с его точки зрения. Геймер способен управлять товарищами по отдельности и приказывать всей команде. На каждом уровне потребуется контролировать четырёх подопечных одновременно. Противники, управляемые искусственным интеллектом, пользуются укрытиями, применяют гранаты, отступают при ранениях и наступают, если герои в невыгодном положении.