Run For Cover перед прохождением создает процедурный мир, расширяющийся по ходу его исследования. Игрок управляет командой солдат и перемещается по вражеским территориям. Новые забеги ставят перед игроком оригинальные задачи и трудности, что включает бесконечную реиграбельность. Окружение состоит из многочисленных квестов, врагов и отличающихся биомов.
 
Пабло Эскобер вернулся к власти, после этого страну охватили гражданские беспорядки. Фальсификация выборов привела к практически гражданской войне, а политическая оппозиция была названа врагом народа. В государстве объявлено чрезвычайное положение, чтобы ввести войска и ослабить напряжение. Президент безжалостен и действует только в личных интересах, убивая сотни мирных граждан и превышая собственные полномочия. Он применяет химическое вооружение против всех, кто стоит у него на пути.
 
Отряд специальных агентов был отправлен в страну, чтобы помочь народу свергнуть коррумпированный и диктаторский режим. Руководство обладает знанием о месторасположении фабрики, производящей смертельный газ. Пользователю предстоит управлять солдатами, проникать в запрещенные территории и остановить химические атаки. На пути предстоит участвовать в перестрелках, бесшумно передвигаться по области и пользоваться окружением себе на пользу.