Wing of Darkness - динамичный шут-эм-ап, дающий возможность управлять быстрыми мехами-звездолетами, защищая Землю от нашествия врагов. Неопознанные летающие объекты Подавители - это космические захватчики, жаждущие уничтожить все живое. Единственное, что им может противостоять - система Хельд. Суть ее состоит в том, что Фрейлины - специально обученные девушки-пилоты, должны управлять боевыми мехами, мчась по бескрайнему небу, отбивая атаку со стороны противников.

Судьба сложилась таким образом, что аниме-красотки стали единственными, кто способен защитить этот мир. Игровой процесс Wing of Darkness представляет собой воздушный шутер, переносящий в мир далекого будущего. Между миссиями предстоит наблюдать множество срежиссированных катсцен, рассказывающих историю каждой героини. В центре повествовании сращу две протагонистки.

По ходу прохождения игра рассказывает про их прошлое, демонстрируя весь путь, который преодолели милые девушки. Их зовут Клара и Эрика. Предстоит играть за каждую из них. Миссии между ними чередуются. Им необходимо разгадать тайну Подавителей. Требуется выяснить, кто они такие, откуда взялись и какая истинная их цель. Каждая девушка имеет свой характер, взгляды на жизнь и мораль, поэтому потребуется следить за историей сразу с нескольких перспектив.