Главный герой Wing Commander 3: Heart of the Tiger, который появлялся в предыдущих частях, получил имея полковник Кристофер Блэр. Игровой процесс типичен для серии. Симулятор космических боев включает одиночную кампанию и свободно настраиваемые матчи для тренировок. В прохождении сюжетных задач часто показываются видеоролики в реальном времени.

Взяв управление над военными звездолетами, пользователю потребуется уничтожать вражеские корабли и следовать указаниям. Теперь сюжет продвигается через кат-сцены вместо выдачи медалей. Центральный персонаж, став руководителем многих операций, способен выбирать транспорт для собственного пользования, вооружение на истребители и маршруты для выполнения квестов. В кампании геймер столкнется с военнопленными Терранской Конфедерации, наследным принцем Империи Килрати и другими фракциями, путешествующими по галактике.

Нововведения в Wing Commander 3: Heart of the Tiger:

• Левый дисплей невозможно убрать.
  
• Определенные летающие враги были убраны, как и наземные.
  
• Орудийная платформа – добавленный соперник, представленный в виде неподвижной турели.
  
• Геймер способен взаимодействовать с второстепенными кораблями, чтобы вести диалог.
  
• Каждая миссия теперь начинается в открытом космосе, а взлет заменен на FMV.