Xenia's Ark рассказывает о далеком и мрачном будущем. Народы едва оправились после Войны Хаоса, что длилась два столетия, как вдруг они столкнулись с новой проблемой. Галактике осталось существовать всего 50 лет из-за разрушительных действий черных дыр. С помощью технологии использования червоточин империи переехали в другую и неизведанную часть вселенной. Население погрузили на огромные звездолеты, что были названы Великими Ковчегами. Игрок является лидером одного из таких кораблей.

Это 4X-стратегия. В Xenia's Ark всё происходит в пошаговом режиме. Карта поделена на шестиугольники. Сначала пользователь исследует планету, что стала новым домом для выбранного народа. Затем он изучает звездную систему. А после этого переходит к освоению галактики. В игре надо строить и развивать города, заниматься шпионажем, добывать и распределять ресурсы, налаживать отношения с соседями и торговать с ними, получать новые технологии, создавать, настраивать и оснащать армию, воевать с другими сторонами. В этой глобальной TBS бои делятся на космические и наземные. Есть возможность использовать ландшафт в своих целях, чтобы прятать юнитов и устраивать засады. Геймер может нанимать и улучшать лидеров. Они способны управлять населенными пунктами и войсками.

Можно играть за одну из 6 фракций:

• Arkidoun – выделяется силой и воинственностью;
  
• Vicnoti – считаются великими исследователями;
  
• Assembly – искусны в использовании дипломатии;
  
• Phaedon – делают упор на развитие науки;
  
• Morix – славятся своими инженерами и строителями;
  
• Velacite – могут похвастаться хорошей и стабильной экономикой.