Wing Commander: Armada привносит новые стратегические элементы в игровой процесс. На старте каждого матча пользователь получает под управление корабль-матку под названием авианосец. Без данного транспорта игрок не сможет заниматься строительством или колонизировать другие миры. Победа или поражение достигается только при уничтожении матки врага или союзной стороны.

На главной летающей базе имеется определенный склад для хранения и применения ресурсов при строительстве и занятии новых территорий. Геймер способен строить истребители, чтобы исследовать дальние уголки или сражаться с небольшими группами врага. Карты представлены в обширных размерах, а для достижения определенной точки потребуется пользоваться гиперпространственными туннелями. Чтобы колонизировать планету, юзеру достаточно соорудить космическую верфь, шахту или звездную крепость на поверхности.

Каждое космическое тело обладает собственным числом кончаемых ресурсов для добычи. Шахты занимаются извлечением ценных материалов и доставки на склад. В космической верфи пользователь может создать легкие, средние и тяжелые истребители, либо обычный транспорт, перевозящий ресурсы. Звездная крепость предоставляет определенный тип улучшений на выбор. Режим Битвы доступен только для многопользовательской игры, а сюжетная кампания для одиночного прохождения.