Murder Diaries 2 рассказывает детективную историю убийства. Сюжет показывается с двух разных точек зрения. Игра позволяет взглянуть на произошедшие события, как глазами убийцы, так и со стороны сыщика. При этом в повествовании много внимания уделяется мыслям полицейского и преступника. Инди-тайтл демонстрирует две разные жизни.

Игровой процесс во многом похож на тот, что был в оригинале. В Murder Diaries 2 пользователь снова управляет летающим огоньком. Эта душа способна двигаться в любом направлении. Ей необходимо проходить через контрольные точки, чтобы продвинуться дальше. Каждый чекпоинт помогает восстановить воспоминание. Когда все фрагменты собраны, показывается воссозданный рассказ, после чего продолжается общее повествование.

В сравнении с первой частью количество глав слегка уменьшилось. Теперь их 15, а не 16. Как и раньше, летать предстоит по жутким и мрачным локациям. Сиквел перенял особенность предшественника, которая заключалась в большом контрасте между тем, что происходит на экране, и расслабляющим геймплеем под спокойную и красивую музыку. Всё это создает нетипичную атмосферу психологического триллера. Уровни всё так же становятся все более странными и психоделическими по мере прохождения. У каждого этапа есть своя мини-история, что имеет прямое отношение к основной сюжетной линии.