В Clue: Murder at Boddy Mansion на экране фактически воплощается версия старой, но довольно популярной в свое время настольной игры. Суть довольно проста - пользователю предоставляется выбор из нескольких персонажей, один из которых в последствии окажется убийцей. Задача геймера в роли детектива состоит в том, чтобы вычислить преступника, собрав достаточное количество улик, а также выяснить, в какой именно комнате это произошло. Стоит отметить, что в особняке (основная локация) имеется сразу несколько этажей, на каждом из которых расположено несколько комнат. Нужно очень внимательно следить за происходящим, не упуская буквально ничего.

После короткого кинематографичного вступления Clue: Murder at Boddy Mansion предлагает сразу же перейти к основным событиям. Наблюдать и переключаться между локациями можно в изометрической перспективе, создавая удобное положение для наблюдения за происходящим. В нижней части экрана находится перечень всех персонажей, и в любой момент можно кликнуть на их иконки для получения информации друг о друге. В отдельных слотах также находится оружие (нож, револьвер, веревка, гаечный ключ и другие), а также подсказки и записки, формирующие профиль каждого отдельно взятого подозреваемого. В зависимости от выбранного уровня сложности (всего их 3), поиск убийцы будет занимать больше времени. Улики станут не такими очевидными, а поведение людей в особняке и их алиби - более неоднозначным. Более того, они сами могут предпринимать активные действия, пытаясь подловить главного героя или использовать какие-либо сведения против него.