Погружение в Subject 9 позволяет ощутить вымышленное технологичное будущее на собственной шкуре, отправившись в научно-фантастический сеттинг игры. Игроку предстоит взять на себя роль модернизированного и непонятного существа, которое представляет собой мутировавшего и биологически улучшенного человека. Очутившись в неизвестном месте и осмотрев непривычное окружение, напоминающее экспериментальные подземные лаборатории, предстоит совершить побег из заключения, попутно устраняя соперников, встречающихся на пути.

Протагонист в Subject 9 выглядит как человек, использующий все доступные способности и навыки прошлой жизни, для достижения главной цели. Задачей выступает выживание в неблагоприятных и опасных условиях в попытках выбраться наружу, как можно ближе к поверхности земли и не погибнуть раньше времени. Персонаж обладает профессиональными навыками стрельбы и владениями боевыми компонентами, позволяющими взрывать и уничтожать врагов массово. Помимо простых умений, протагонист способен применять сверхчеловеческие способности, постепенно осознавая новые полученные возможности. Продвигаться по сюжету приходиться по темным локациям, наполненных разнообразными техническими аппаратами и технологиями, которые могут мешать в похождении. Пользователю нужно быть внимательным и аккуратным, чтобы не попасть в коварную скрытую ловушку или не выбежать под обстрел военной турели.