Путешествие в CounterSpy погружает в атмосферу сверхсекретных суперагентов, справляющихся со специальными и опасными миссиями. Игрокам приходиться отправляться на тайные задания, выполняя поставленные руководством задачи тихо и бесшумно, попутно уничтожая свидетелей или противников, мешающих завершению дела. Развитие сюжета происходит постепенно, в последствии прохождения поочередных уровней. Герой должен проникнуть в тайные подземные бункеры, чтобы профессионально пробраться сквозь охрану и собрать необходимые чертежи или досье, которые проливают свет на деятельность вражеской подпольной организации.

Продвигаясь по сюжетной кампании в CounterSpy, протагонисту предстоит выполнять разнообразные задачи и решать поступающие проблемы, путем применения навыков и полученных знаний. Герой способен устранять соперников тихим путем, прокрадываясь и применяя скрытные атаки или захваты, или проходить в открытую и расстреливать врагов с доступных видов оружия. Первый вариант более каноничный и если вдруг что-то идет не так, то всегда есть запасной план и возможность прямой стычки. На выбор представлен широкий спектр вооружения и предметов, помогающих отвлекать или укладывать наземь оппонентов. Продвигаясь по коридорным уровням, предстоит применять тактическое мышление и продумывать наперед свои ходы, чтобы достичь необходимого результата на поле боя.