Погружаться в E.E.R.I.E приходится через восприятие девушек-духов, вооруженных различными типами оружия и брони. Пользователь попадает в альтернативную вселенную, где перемешивается волшебный мир с мифологией запада и востока, создавая уникальный сеттинг. Героини попадают в зону боевых действий, где придется применять тактические умения ведения боя и навык работы с огнестрельными винтовками.

Сюжет в E.E.R.I.E разделен на три истории, повествующие о каждой из девушек. Дайёсей, Кидзин Сейджа и Ринго отправляются на опасные миссии, где у каждого из персонажей есть собственная цель. Игроку предстоит изучить перипетии рассказа, где героини враждуют между собой и конкурируют на протяжении прохождения. Игрок способен свободно перемещаться по представленным коридорным локациям, вступая в боевые перестрелки с противниками. На выбор доступны пистолеты, пулеметы, автоматы малого калибра, снайперские винтовки, дробовики и гранатометы.

Каждый тип снаряжения имеет аналог в реальном мире, отчего ощущается проработанность и детализация вооружения. Есть возможность модификации и самостоятельной настройки пушек, создавая кастомные стволы. Под определенные ситуации приходится подбирать правильную комбинацию из компонентов и видов боеприпасов, способных наносить разнообразный тип урона по соперникам, добавляя тактической работы и продумывания действий в схватках.