Мрачное повествование в Phenomeno погружает в визуальную новеллу, где предстоит наблюдать за похождениями 18-летнего паренька по имени Ямада Нагито. Главный герой является большим поклонником сверхъестественного, из-за чего он перебирается из глубинки в Токио, чтобы поискать следы заблудших душ или неупокоенных духов. Юноша в Феномен снимает частый дом с небольшой арендной платой, что дает возможность обустроиться поудобнее на новом месте и не испытывать больших финансовых проблем в будущем. В прошлом, в арендованном жилье проживал архитектор, что достиг больших высот в карьере и стал знаменитым в Японии.

Сюжетная линия погрузит игроков в атмосферу необъятного ужаса, где придется разбираться со странными событиями. Через непродолжительное время, Ямада Нагито начинает замечать загадочные явления внутри помещения. Молодой человек слышит по ночам шумы и непонятные пугающие звуки, мешающие полноценно высыпаться. Решившись исследовать источник звука, протагонист будет сталкиваться с надписями на стенах дома. Придется разобраться, откуда появились цифры 7, 6 и 5, дающие понять, что у героя остается немного времени. Испугавшись отметки в 0, юноша стремится поскорее найти логическое объяснение происходящему. Увлеченный оккультизмом протагонист, будет искать способы искоренить жуткое зло, обитающее внутри проклятого помещения, применяя для этого полученные знания из эзотерических книг, которыми зачитывался в родной деревне.