Визуальная новелла Agapan погружает геймеров в жизнь молодого паренька, который страдает от одиночества и не может отыскать свое место в этой жизни. В прошлом, юноша потерял семью и теперь проживает с другими людьми, что приютили его и воспитали. Героя мучают воспоминания, и он не может оказывать никакого сопротивления тяжелой психологической травме, произошедшей в глубоком детстве. Протагонист желает побольше узнать о погибших родителях, поэтому часто бродит по кладбищу и долго находится возле могилы своей матери, стараясь отыскать мистические знаки или подсказки, которые способны подкрасться в сознание молодого человека.

В процессе прохождения Агапан, пользователи будут продвигаться через сюжетные перипетии и разбираться в тонкостях воспоминаний, терзающих разум юноши. Ига выполнена в виде интерактивного приключения, где получится наблюдать за действиями героя и самостоятельно передвигаться по изометрическим локациям, взаимодействуя с окружающей средой. Диалоги, происходящие между персонажами, будут представлены в виде текстового окна с изображением личностей, нарисованных в анимешной стилистике. Приходится разбираться с мучениями парня, что разрывается между реальной жизнью и блужданиями по обрывкам своей памяти, в которой он помнит счастливое детство и живых родителей. Туманные образы постепенно затмевают здравомыслие, что побуждает отправиться в таинственный город по совету одной загадочной женщины, повстречавшейся во время исследования кладбища.