Jouka no Monshou - Emblem of the Sacred Flame показывает мрачный сеттинг будущего, где человечество сталкивается с масштабной катастрофой, происходящей впоследствии Третьей мировой войны. Мир стоит на пороге разрушения, где власть захватывает жестокая и деспотичная организация, устанавливающая свои порядки. Геймеры оказываются в научно-фантастической антиутопии, где над людьми установлен жестокий контроль при помощи одной системы, устраняющей культурные ценности, что вызывают эмоции у субъектов. Игра выполнена в виде интерактивной визуальной новеллы, где от каждого действия геймеров будет зависеть развитие происходящих событий.

Сюжетная линия в Джоука не Монсу продемонстрирует несколько взаимосвязанных между собой историй, что отображают жизни разных людей. Персонажи будут сталкиваться с несправедливостями этого мира, стараясь найти себе место под солнцем и справиться с психологическим давлением системы, подавляющей эмоции и чувства граждан. Некоторые повстанцы и идейные личности будут сопротивляться, создавая подпольное восстание, несмотря на устрашающую угрозу Четвертой мировой войны, способной уничтожить и стереть с лица Земли человеческую цивилизацию. Остатки людей готовы побороться за свободу и личное счастье. Геймеры будут наблюдать за развитием событий, предпринимая решения в трудных моральных вопросах, оказывая влияние на финальную концовку новеллы.