В Sid Meier's Civilization 3 Complete игроку вновь понадобится сотворить историю рода людского, доведя его от каменной эпохи до ультра-современности. Необходимо установить контроль над территориями и расширить влияние, чтобы конкурировать с прочими цивилизациями. Победить в игре можно одним из нескольких путей: полным завоеванием, доминированием, культурной победой, дипломатией, по историографу или в космической гонке. Каждый сценарий можно изменить или дезактивировать.

Подконтрольные города в Sid Meier's Civilization III Complete нужно расширять, устанавливая в них не только различные постройки, необходимые для развития, но и Чудеса света. Каждая эпоха дает возможность отстроить малые и великие Чудеса Света. В Античности — Пирамиды, Висячие сады Семирамиды, Великую библиотеку и другие; в Средневековье — Сикстинскую Капеллу, Собор Баха и даже Пентагон. В Промышленном веке и Современности удастся возвести Дамбу Гувера, ООН и Стратегическую Оборонную Инициативу. Они позволят получить дополнительные преимущества, например, дополнительные ресурсы, бесплатные амбары и другое. К тому же можно устанавливать дружеские отношения с другими государствами: объединяться в союзы, торговать различными ресурсами, обмениваться передовыми технологиями и прочее.

В игре доступно до 32 цивилизаций, среди которых есть: Америка, Англия, Германия, Франция, Китай, Япония, Россия и много других. Каждая из них обладает двумя из шести отличительных черт: религиозность, трудолюбие, торговля, наука, милитаризм и экспансия. От вида выбранной цивилизации доступны и особые качества: наука позволяет получать одно дополнительное достижение при переходе в новую эпоху, а у милитаристов отряды получают больше опыта в сражениях. Изначально под контролем будет совсем немного людей, способных разве что шкуры выделывать да собирать древесину и камни. От того, сколь грамотно будет спланировано развитие цивилизации, будет зависеть скорость технологических исследований и способность к противостоянию с другими империями. Удастся ли игроку добиться расцвета, и стать одним из лидеров на мировой арене? Или же раса сгинет в пучинах времени, не сумевши противостоять сильным мира сего?..