Действие игры Boinihi: The Ki Codex происходит в 2065 году, на отдаленной луне, в глубинах космоса. Сюда прилетает астронавт, отдалившийся и от родной планеты, и от оживленных межзвездных трасс. Он блуждал в пространстве 4 года и жаждет немного отдохнуть. В процессе прилунения и исследования местности, путешественник находит рисованную книгу и слышит странный звук. Затем он встречает Бойнихи – бестелесное существо, обитающее на поверхности. Дух повествует историю родного мира, ведь ему единственному удалось выжить после рокового Дня Zero. Именно он и является автором рукописи, в которой зашифровано послание потомкам.

Главгерой должен обойти всю планетку, следуя подсказкам из самодельной книги. Местность делится на 4 территории – озеро, остров, лес и горную систему. На картах размещено большое количество головоломок и загадок, которые предстоит разгадать под аккомпанемент инструментальной, азиатской музыки. Любой предмет, обнаруженный на уровнях игры Boinihi: The Ki Codex, поможет двигаться вперед, поэтому не стоит пропускать находки. Чтобы не запутаться, главгерой может делать заметки в путеводителе. Если космонавт доберется до финальной задачки и решит ее – получит шанс разгадать уникальный Кодекс К'и и вернуться домой. А миссия Бойнихи будет считаться выполненной, и призрак сможет получить успокоение.