В Prince of Persia: The Two Thrones мы движемся в Вавилон, после того, как в предыдущей части убиваем стража времени Дахаку, тем самым изменяя свою судьбу полностью, несмотря на пророчества и предписания. По пути наш с Кайлиной корабль захватывают. Теперь нашим врагом становится Визирь, убийство которого, как и активированные пески времени, мы отменили. Махараджа отправляется на проклятый остров, захватывает кинжал времени, но не может активировать его — потому что пески бездействуют. На предотвращении активировать пески построен новый сюжет

В Принц Персии Два трона пески были активированы убийством императрицы. Они ведут себя так, как хотят. В принце пробудилось альтер-эго на почве этой активации, Визирь стал правителем. Внезапно для самого Принца Персии, его альтер-эго — Темный Принц набирает силу, и появляется после некоторых событий. Разработчики немного поменяли геймплей, но оставили в приоритете акробатику и удары от двух орудий в руках — основного и найденного. Вы сможете совмещать их, тем самым делая комбинации. Ваше основное оружие — кинжал смерти. Несмотря на то, что вы можете превращаться в Темного Рыцаря, который мечтает завладеть временем, настоящий Принц усмиряет его. После превращения (которое вы можете делать практически с начала игры), вы будете постепенно терять здоровье, пока не поднимете песок. Дополнительное оружие будет медленно ломаться в зависимости от использования. Вторым оружием у нас будет цепь, а позже мы найдем меч отца. Да, в игру добавили «быстрые убийства». Пробежка по врагам в скоростном режиме, за время которого мы успеваем убить несколько человек в замедленном времени.