Persona 3 Portable - пошаговая японская RPG, боевая система которого строится на поиске слабых мест противника. Некоторые элементы игрового процесса процедурно генерируются. Например, могут различаться помещения в подземелье. Физический урон по врагам имеет три категории: Slash, Strike и Pierce. Каждый член отряда в Persona 3 Portable сражается при помощи индивидуального вооружения для ближних атак. Можно вызывать уникальную Персону для каждого героя. В подземельях можно разделяться отрядами или исследовать их в одиночку.

У каждого героя есть не только боевые навыки, но и различные социальные скиллы. Герои могут заниматься повседневными делами: ходить в кино, посещать зал с игровыми автоматами, различные секции, учиться и многое другое. За выполнение рутинных действий начисляются очки опыта и прокачивается уровень персонажа. Если достигнуть 5 уровня в общении с тем или иным персонажем, то у них могут начаться романтические отношения. Для Персоны можно выбирать индивидуальный набор навыков, разрабатывая индивидуальную тактику боя.

История Персона 3 берет начало в тот момент, когда герой приезжает на станцию Iwatodai, где ему предстоит поселиться в общежитие при местном колледже. Его настигает Темный Час, который дарует спецспособности, а именно - вызывать таинственную сущность. Однако чтобы пробудить ее, носителю Тени необходимо приставить пистолет к виску и нажать на курок.