Warp Frontier переносит игрока в будущее, в 2215 год. Капитан полиции по имени Винсент оказывается вовлеченным в заговор между системами, нацеленный на окончательное завершение преступлений, совершенных во время войны. Предыдущий конфликт опустошил его родной мир, уничтожил близких людей и большую часть населения.

Главный герой – награжденный участник предыдущей войны. Будучи капитаном полиции, он патрулирует между орбитальными станциями-трущобами вблизи планеты Цетус, на которой он родился и вырос. Однажды он расследует преступление и обнаруживает зацепку. Она привод его к загадочной пропаже тысяч жителей мир, включая первую жену и лучшего друга. Центральный персонаж объединяется с напарником-роботом МАКом. Вместе они должны сотрудничать с сомнительными личностями и остановить старого врага, до сих пор совершающего незаконные действия.

Геймеру предстоит решать головоломки и продвигаться по сюжету. В прохождении будут многие моменты, связанные с семьей подопечного, его врагами и союзниками. Дальнейшая история зависит от предпринятых решений, открывающихся в диалогах или мест для исследования. Решения могут спасти тысячи жителей или убить их. В конце раскроется личность главного героя, обозначив, какой он отец, партнер, друг, офицер и спаситель.