Погружение в DUNGEON ENCOUNTERS происходит в атмосфере японской стилистической анимации, где происходящие события переносят в вымышленный фентези мир. Вокруг небольшого и уютного города возник странный и загадочный лабиринт, который собираются исследовать местные авантюристы. Игрок выступает в роли одного из персонажей, желающих изучить странную аномалию и отправляется в путешествие, полное удивительных потусторонних происшествий.

Сюжет DUNGEON ENCOUNTERS раскрывается между уровнями, которые выполнены в аркадном стиле и представляют собой исследование загадочных территорий. Персонажи появляются на карте, которая похожа на заполненное белым цветом пятно. Предстоит пробираться по полю, открывая разнообразные ячейки и получая новые способности, которые можно применять в дальнейшем прохождении игры. По пути будут встречаться ловушки или препятствия разного пошива, представляя опасность для героя, потому что наносят большой урон. Главной задачей игрока выступает построение карты и безопасного маршрута, по которому потом смогут пройти другие обитатели.

Во время перемещений и обследования локаций, будут встречаться монстры и жуткие существа, готовые уничтожить протагониста. Приходится вступать в бой, который реализован в виде системы активного времени ATB. Все события и изученные места заносятся в специальный походный журнал, чтобы не забывать проложенные верно пути.