Игра Ganryu 2 является продолжением одноименной первой части. Боец Миямото Мусаси сразил Сасаки Кодзиро и отправился на север, в Хоккайдо, где проводил время в медитациях и восстанавливался после дуэли. Однажды, во время погружения в транс, самурай услышал слова духа Кодзиро, в которых была скрытая угроза и жажда мщения. Голос призывал Мусаси выйти на решающий бой и скрестить клинки, иначе пострадает вся страна. Миямото понял, что ему следует продолжить путешествие к острову Ганрюдзима, чтобы окончательно победить призрак выдающегося фехтовальщика и самурая эпохи Эдо.

В игре Ganryu 2 путь протагониста проходит не только через всю Японию, но и сквозь 4 времени года. Полем битвы с врагами станут средневековые поселения, леса, остатки славных городов, храмы, пещеры и туннели. Главгерой будет прыгать по стенам, перескакивать пропасти и ловушки, ездить в вагонетках и рубить противника на разных локациях. Также на уровнях размещены тайники с бонусными призами. Персонаж постепенно приобретает все больше опыта и навыков, накапливает силы для финального сражения, активирует ками. Для битвы можно использовать меч или метать кунаи. Чтобы выйти победителем из схватки с боссами, нужно просчитывать действия оппонента, вычислять слабые места и бить по ним, обороняться и уклоняться от атак.